نخستین توبه از ادعاها توسط میرزا علی محمد شیرازی
اشراق خاوری (از نویسندگان معتبر بهائی)در کتاب تلخیص تاریخ نبیل صفحه 130 می نویسد: «باب در مراجعت از مکه در بوشهر چند روزی اقامت کرد، دستورهایی به قدوس (محمد علی بار فروشی [بابلی] یکی از گروندگان به باب) در رساله ای به نام خصایل سبعه داد که آن را به شیراز ببرد که از جمله آن دستورها این بود : "بر اهل ایمان واجب است در اذان نماز جمعه جمله ی أشهد أن علیا قبل نبیل باب بقیه الله را اضافه کنند" و چون در بوشهر عده ای دور او را گرفتند و فساد به پا کردند میرزا حسین خان نظام الدوله تبریزی حاکم فارس مأمورینی را گماشت تا میرزا علی محمد باب را تحت الحفظ به شیراز آوردند.
در آن زمان مقصود وی از علی قبل نبیل خودش یعنی علی محمد بود که خود را باب حضرت بقیة الله (امام دوازدهم شیعیان)می دانست .به هر حال او را در شیراز محبوس کردند و سپس مجلسی با حضور علما و دانشمندان تشکیل یافت میرزا علی محمد باب در آن مجلس مورد مناظره علمی دانشمندان و علمای محقق شیراز قرار گرفت و از پاسخ به استدلالات علمی آنان عاجز ماند . سرانجام علی محمد در مسجد وکیل در حضور امام جمعه ی شیراز و علما و جمعیت زیادی از مردم ادعاهای خود را پس گرفت و اظهار توبه نمود.
اشراق خاوری در کتاب تلخیص تاریخ نبیل صفحه 141 می نویسد: حضرت باب در حضور امام جمعه رو به جمعیت کرد و گفت: «لعنت خدا بر کسی که مرا وکیل امام غائب بداند، لعنت خدا بر کسی که مرا باب امام بداند، لعنت بر کسی که بگوید من منکر وحدانیت خدا هستم، لعنت خدا بر کسی که مرا منکر انبیاء الهی بداند، لعنت خدا بر کسی که مرا منکر امیرالمؤمنین و سایر ائمه ی اطهار بداند.» بدین ترتیب وی خلاصی یافت ولی تحت نظارت حکومت قرار داشت .
پایان زندگی علی محمد شیرازی میرزا جانی مؤلف کتاب نقطه الکاف مدت اقامت باب را در قلعه ی ماکو نزدیک به سه سال نوشته است و می گوید سپس به دستور یحیی خان حاکم ارومیه او را از ماکو به چهریق برده و محبوس نمودند. چنانکه ذکر شد، با اینکه باب در زندان به سر می برد، عده ای به هوا خواهی از او در گوشه و کنار کشور (با تحریکات عوامل خارجی) شروع به اغتشاش کردند. هر روز آشوب هایی (مانند اغتشاش نیریز ، زنجان ، قلعه طبرسی و بَدَشت) در نقاط مختلف کشور توسط بابیها روی می داد که قطعاً دست استعمار (چنان که در فصل سوم خاطر نشان می شود) به آشوب و اغتشاش دامن می زد. تا اینکه میرزا تقی خان امیرکبیر (که در آن زمان صدر اعظم کشور بود) به ناصرالدین شاه گفت: تا زمانی که باب و اطرافیانش زنده اند، هر روز گوشه ای از کشور دچار اغتشاش خواهد بود، باید آنها را از میان برداشت، ناصرالدین شاه با پیشنهاد امیرکبیر موافقت کرد، حسب الامر او علی محمد باب و چند نفر از یارانش را از قلعه ی چهریق به تبریز آورده و محبوس ساختند و پس از سه روز حکم اعدام باب صادر شد، و سرانجام او را قبل از ظهر روز چهارشنبه 28 شعبان (یا سه شنبه 27 شعبان) سال 1266 هجری در سن 31 سالگی با محمد علی زنوزی (یکی از مریدان باب که در تبریز به او گرویده بود) در میدان تبریز اعدام کردند. از علی محمد آثاری به نام های : صحیفه عدلیه ، تفسیر سوره کوثر ، احسن القصص ، بیان فارسی ، بیان عربی و لوح هیکل و تعدادی الواح پراکنده بجای مانده است . سرانجام شوم
علی محمد باب اوضاع را در شیراز نامساعد دید و پی فرصت می گشت تا از شیراز فرار کند او با حاکم و والی (استاندار) اصفهان منوچهر خان معتمد الدوله گرجی روابط پنهانی داشت، از این رو هدفش این بود که به اصفهان برود و از آزادی ای که توسط حاکم اصفهان به او داده می شد بهره برده و منظورش را عملی سازد ، لذا وی در سال1261 ه. ق. به سوی اصفهان حرکت کرد و مورد استقبال و پذیرائی شاهانه منوچهر خان قرار گرفت و حتی زنی زیبا را به همسری وی برگزید و کاخی را در اختیار او گذاشت . در ربیع الاول سال 1263 معتمد الدوله در کام مرگ فرو رفت. با مرگ او پنهانی بودن اقامت میرزا علی محمد در اصفهان فاش شد، گرگین خان (پسر عموی معتمد الدوله که جانشین او در اصفهان شده بود) اوضاع را بحرانی و نامساعد دید و اخبار اصفهان را به مرکز (تهران) گزارش داد، و از مرکز دستور روانه ساختن باب به تهران صادر گردید، وی علی محمد باب را با چند سوار به طرف تهران فرستاد چون در این موقع محمد شاه در تهران نبود حاج میرزا آقاسی (صدر اعظم وقت) صلاح ندید که علی محمد باب به تهران وارد شود لذا دستور داد وی را از قریه «کُلَین» به تبریز بردند و از آنجا به زندان ماکو منتقل شد و پس از مدتی از زندان ماکو به زندان چهریق در آذربایجان غربی انتقال یافت.
